Paris im 18. Jahrhundert – mitten im „allerstinkensten“ Ort, dem Pariser Fischmarkt, wird Jean-Baptiste Grenouille (Ben Whishaw) geboren. Zäh wie ein „Zeck“ erkämpft er sich mit einem Schrei sein Recht auf das Leben und entscheidet sich gegen die Liebe seiner Mutter, die erhängt wird, weil sie ihr Kind umbringen wollte. Seine Kindheit verbringt er bis zu seinem achten Lebensjahr in einem Waisenhaus, dann nämlich wird er an den Gerber Grimal verkauft. Doch dort endet Jean-Baptiste Grenouille nicht etwa, wie man es aufgrund der harten und ausbeutenden Arbeit eines Gerbers und zahlreichen Toten in diesem Berufszweig, vermuten könnte, nein ganz im Gegenteil. Jean-Baptiste Grenouille ist zu weitaus größerem geboren, er besitzt nämlich ein schier einzigartiges Talent – er kann Gerüche bis in die kleinsten Duftbestandteile zerlegen und Gerüche wahrnehmen, die für einen normalen Menschen nicht existieren, so wie beispielsweise der Geruch von Stein.

Seine außerordentliche Nase macht ihn zu einem Genie. Einem Genie, das nicht viel von einem Menschen besitzt, fehlen ihm doch der eigene Körpergeruch und auch die Fähigkeit zu lieben. Einem Wesen, vergleichbar mit einem Autisten, der in seiner eigenen Welt lebt. Für Grenouille eine Welt, die bestimmt ist von Gerüchen. Er beginnt eine Lehre bei dem Parfumeur Baldini (Dustin Hoffman). Doch schon bald reicht es ihm nicht mehr, nur Rosenblüten zu destillieren. Er will einen eigenen Duft kreieren und für diesen bevorzugt er den Geruch von schönen, jungen Mädchen. Um diesen zu gewinnen, wird er zum Mörder. Zahlreiche bildschöne Mädchen bringt er um und versetzt die Bürger von Grasse in Angst und Schrecken.

Doch wer jetzt glaubt, „Das Parfum“ sei ein Film, der nur von grausamen und blutigen Morden handelt, der liegt falsch. Vielmehr ist „Das Parfum“ ein Film, in dem die Morde nur Mittel zum Zweck sind und sowohl schmerz- als auch gefühllos von Statten gehen. Grenouille, der Sammler von Mädchendüften, hat ein ganz besonderes Mädchen für die Herznote seines Parfums auserkoren – Laure (Rachel Hurd-Wood). Doch  ihr Vater, Antoine Richi,  ahnt, dass seine wunderschöne Tochter das nächste Opfer sein wird und versucht das Genie an der Vollendung zu hindern. Er ist der einzige, der die Fähigkeit besitzt, den Gedankengang des Ungeheuers annähernd nachvollziehen zu können.